Podemos usar el comando scp, que sirve para copiar archivos vía SSH

 
scp -i millaveamazon.pem /ruta/de/mi_archivo_local ec2-user@mec2-50-17-16-67.compute-1.amazonaws.com:~/.

De esta manera se copiará el archivo a la ruta ~/ del server ec2

Otra alternativa es usar filezilla. En primer lugar, debemos crear un nuevo sitio:

Como ven, se debe agregar el archivo pem.

Luego de presionar connect,  aparecerá una ventana de confirmación. Recomiendo activar el checkbox de Always trust this host.