Últimamente estoy usando Symfony, uno de los frameworks para PHP, y para crear la base de datos ellos recomiendan usar el DBDesigner4. Esto muy práctico ya que permite crear la base de datos de manera gráfica, y guarda el diseño de la base de datos en un XML.

Esto resulta muy conveniente ya que este archivo XML puede ser luego transformado al ORM de su preferencia, ya sea Doctrine o Propel, usando alguno de los muchos plugins disponibles en la web.

Instalando DBDesginer 4 en Ubuntu Karmic

Estos pasos funcionan si usa la arquitectura i386.

Primero, necesita bajar  e instalar estos paquetes:
http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/universe/g/gcc-2.95/libstdc++2.10-glibc2.2_2.95.4-24_i386.deb
http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/universe/x/xft1/libxft1_6.8.2-1_i386.deb

Segundo, descargar el DbDesigner 4 en esta dirección:

http://downloads.mysql.com/DBDesigner4/DBDesigner4.0.5.4.tar.gz

Luego descomprimir el archivo en la carpeta HOME. Ingresar a la carpeta donde se ha descomprimido y ejecutar el archivo startdb.sh

$ tar xvzf DBDesigner4.0.5.4.tar.gz
$ cd DBDesigner
$ ./startdb.sh

DBDesigner correrá sin problemas.